重点实验室依托于新疆农业科学院，于2016年12月成立，隶属农业农村部农业农村生态环境学科群。
定位：面向西北农业农村环境保护技术和政策需求，开展应用基础和技术开发研究、科学观测、科学实验、技术示范。
目标：国内一流、国际有影响的西北地区农业生态环境重大问题的科学技术研究中心、人才高地、技术供应者。
任务：1.围绕面源污染防控，解析面源污染源汇与机制、研究源-流-汇协同治理技术和治理模式。2.围绕地膜污染防治，解析残膜、微塑料和塑化剂的源汇与污染机制、研发地膜生产-使用-回收-资源化的全程防治技术和综合防治模式。3.围绕气候变化应对与防灾减灾，研究农业农村减排固碳机制和技术。4.围绕农业农村生态环境战略与规划，研究重点区域农业环境基准标准、宏观战略。
研究平台：3个，氮磷淋溶研究平台拥有离子流动注射分析仪、凯氏定氮仪、原子荧光仪等，地膜污染研究平台拥有气相色谱质谱联用仪、激光粒度仪、地膜力学性能检测仪等；农田碳氮水耦合监测研究平台拥有涡度相关仪、痕量温室气体观测系统、水氮运移监测场、蒸渗仪、气象站、干湿沉降监测装置、绿色低碳在线监测平台等
成果：摸清棉田和菜田氮磷淋溶系数、节点和主导因素，构建水肥协同防治模式；揭示棉田地膜残留时间点和影响因素，构建机艺融合的地膜污染防治模式。
